Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) adalah kegiatan sistemik penjaminan mutu pendidikan tinggi oleh setiap perguruan tinggi secara otonom atau mandiri untuk mengendalikan dan meningkatkan penyelenggaraan pendidikan tinggi secara berencana dan berkelanjutan. Di dalam pasal 52 ayat (2) UU Dikti disebutkan bahwa penjaminan mutu dilakukan melalui lima (5) langkah utama, yaitu Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi (Pelaksanaan) Pengendalian (Pelaksanaan), dan Peningkatan, yang disingkat dengan PPEPP. Melalui LPMP, UNWAHAS merintis dan mengembangkan konsep system penjaminan mutu internal perguruan tinggi. Konsep tersebut meliputi definisi penjaminan mutu, siklus implementasi penjaminan mutu, organisasi, system dokumentasi, dan sumberdaya manusia. Penjaminan mutu internal dilakukan untuk mencapai (i) kepatuhan terhadap kebijakan akademik, standar akademik, peraturan akademik, dan manual mutu akademik, (ii) kepastian bahwa lulusan memiliki kompetensi sesuai dengan yang ditetapkan di setiap program studi, (iii) kepastian bahwa setiap mahasiswa memiliki pengalaman belajar sesuai dengan spesifikasi program studi, dan (iv)  relevansi program pendidikan dan penelitian dengan tuntutan masyarakat dan stakeholders lainya.

Lingkup peningkatan SPMI UNWAHAS terlihat pada jenjang dan dalam penjaminan mutu. Sebelum tahun 2014, SPMI hanya dilaksanakan pada jenjang D3,  S-1 dan S-2. Sejak tahun 2016, SPMI dilaksanakan pada semua jenjang meliputi S-1, S-2, S-3 dan Profesi. Dalam hal lingkup penjaminan mutu, sebelum tahun 2014 implementasi SPMI dilaksanakan di lingkup kegiatan akademik (pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat),  dan tahun 2016 akan memasukkan komponen non-akademik, yaitu sumberdaya manusia, sarana prasarana, keuangan, manajemen, dll. Konsep dan implementasi SPMI – PT di UNWAHAS menyesuaikan terhadap tradisi, kondisi, kemampuan, ukuran, nilaicita-cita UNWAHAS, seperti ditunjukan pada gambar berikut :